Hoewel vleermuizen lang kunnen leven en weinig natuurlijke vijanden hebben, gaat het toch niet zo goed met ze. Van de 21 soorten vleermuizen die er in Nederland zijn gevonden, zijn negen soorten zeldzaam. Tenminste vijf andere soorten zijn de afgelopen vijftig jaar erg zeldzaam geworden of geheel verdwenen.

Veel verblijfplaatsen zijn in de loop der jaren verdwenen of ontoegankelijk geworden voor vleermuizen: bomen worden gekapt, spouwmuren opgevuld, oude gebouwen gerenoveerd. Veel bestrijdings- en houtconserveringsmiddelen doden niet alleen insecten, maar vergiftigen ook vleermuizen en hun jongen. Veranderingen in het landschap hebben ook een negatief effect gehad, doordat jachtgebieden en vliegroutes verdwenen zijn.

Doordat vleermuizen in grote groepen leven heeft een "ongeluk" op of rond een kolonieplaats grote gevolgen voor de vleermuisstand in een groot gebied. Een vleermuis krijgt meestal maar één jong per jaar. Daardoor duurt het erg lang voor een groep weer over zo'n tegenslag heen is.

Vleermuizen zijn sinds 1973 bij de wet beschermd. Ze mogen niet gevangen of gedood worden. Het is verboden ze levend of dood te bewaren of te verhandelen. Vleermuizen mogen niet verontrust of verstoord worden. Ook de verblijfplaatsen mogen niet beschadigd worden. Voor een deel van deze verbodsbepalingen is ontheffing mogelijk.

De juridische bescherming van de Nederlandse natuur is in hoofdlijnen geregeld via twee sporen. De soortenbescherming, die landelijk is geregeld door de Flora- en Faunawet en de gebiedsbescherming, waarvoor de Natuurbeschermingswet 1998 het belangrijkste beschermingskader is. De juridische bescherming van vleermuizen komt in beide beschermingskaders aan bod.