Om vleermuizen te vangen zijn richtlijnen opgesteld waaraan elke vleermuisonderzoeker zich dient te houden. Voor bijzondere vraagstellingen of specifieke onderzoeksdoelen zijn uitzonderingen mogelijk. Dit gaat echter altijd in goed overleg met de commissie vleermuishanteren.

Vangen algemeen

• Er worden enkel vleermuizen gevangen wanneer geen andere, minder verstorende, methode gebruikt kan worden.
• Te allen tijde is de vangleider verantwoordelijk voor het verloop van een vangactie. Hij neemt wanneer nodig werkzaamheden van helpers over, of sluit (tijdelijk) de vangmiddelen.
• Er wordt van te voren ingeschat hoeveel vangmiddelen door de vanggroep beheersbaar zijn. Bij onverwachte grotere aantallen vangsten worden vangmiddelen (tijdelijk) onklaar gemaakt.
• Binnen een straal van 40 meter rond zomerverblijven van meervleermuis Myotis dascycneme, ingekorven vleermuis Myotis emarginatus, laatvlieger Eptesicus serotinus, vale vleermuis Myotis myotis of tweekleurige vleermuis Vespertilio murinus wordt niet gevangen. Dus ook geen zomerverblijven van deze soorten afvangen!
• Een vangmiddel wordt zodanig opgezet, dat het snel dichtgeschoven kan worden als het vangstsucces groter is dan de verwerkingssnelheid.
• Een vangmiddel wordt zodanig opgezet, dat een vleermuis snel binnen handbereik gebracht kan worden zonder het dier in gevaar te brengen.
• Open vangmiddelen worden ten minste 1 keer per 10 minuten gecontroleerd op nieuw ingevlogen vleermuizen. Bij groot vangstsucces wordt de frequentie opgevoerd. Bij de plaatsing van de vangmiddelen wordt ervoor gezorgd dat deze controlesnelheid mogelijk is.
• Vleermuizen worden in minder dan 2 minuten uit het net bevrijd. Vleermuizen waarbij dit niet lukt, krijgen een spoedbehandeling. Ofwel een ervaren zelfstandig vanger neemt het dier over en maakt dit los, ofwel het dier wordt losgeknipt door de draden waarmee het dier verward zit los te knippen. Een schaar dient binnen handbereik te zijn.
• Alle gevangen vleermuizen moeten uiterlijk een uur na de vangst weer worden vrijgelaten. Als er een speciale reden is om het dier langer vast te houden (bijvoorbeeld telemetrie) dan is bijvoedering vereist. Het is daarom aan te raden bijvoorbeeld meelwormen mee te nemen.
• Zwangere of lacterende vrouwtjes krijgen een spoedbehandeling. Ze worden zo snel als mogelijk, maar tenminste binnen een half uur na de vangst vrijgelaten.
  Hoogzwangere vrouwtjes en vrouwtjes met aanhangend jong worden direct vrijgelaten.
• Bij vrijlating krijgen de dieren de gelegenheid zelfstandig weg te vliegen. Eventueel worden ze op een boom geplaatst.
• Afkoeling van dieren wordt voorkomen, bijvoorbeeld door ze niet op de tocht te hangen. Dieren die toch afkoelen, worden opgewarmd vóór vrijlating.
• Alle etische incidenten worden gemeld bij de opleidersgroep (meldingsplicht).

Vangen in de buurt van verblijf of vliegroute

• Een vangstteam in de buurt van een bekend verblijf dient uit minimaal 2 mensen te bestaan.
• Om verstoring van vliegroutes te voorkomen wordt een route óf alleen in de avondtrek óf alleen in de ochtendtrek bevangen.

Vangen boven water

• De vangleider is verantwoordelijk. Deze heeft dus zelf ook een waadpak aan en een zwemband klaarliggen, zodat hij te hulp kan schieten als dat nodig is.
• Er wordt gezorgd voor een lijn over het water voor de veiligheid van de zelfstandig vangers in het water. Tevens kan deze lijn gebruikt worden om zich snel door het water te verplaatsen. De tijd dat een vleermuis gevangen zit wordt hiermee bekort.
• Een waternet mag nooit onbemand staan, dus alleen in combinatie met andere vangmiddelen als het waternet bemand kan blijven. Bij de inrichting van de vangplaats wordt ervoor gezorgd dat continu toezicht mogelijk is. 
• Er wordt speciale zorg besteed om te voorkomen dat dieren te water raken tijdens de vangstactie.