1. De in te zetten personele capaciteit moet afgestemd worden op omvang, de complexiteit van het gebied of gebouw en de aard van de ingreep en de in te zetten methoden.

2. De keuze van in te zetten methoden en technieken dient aan te sluiten bij de situatie en de te verwachten soorten. De keuze vereist kennis van de nieuwste methoden en technieken zodat een afweging kan worden gemaakt welke van de beschikbare methoden en technieken het meest geschikt en/of efficiënt is. Als uitgangspunt is in dit protocol daarbij het ecologische principe van de niche gehanteerd. Daaruit volgt dat soorten van elkaar verschillen en dat elke soort eigen specifieke tijden, data en perioden voor optimale waarneming heeft. Mede hierdoor is het tabblad 'werkwijzen' gecompliceerd.
Wanneer op een locatie de uitvliegopeningen bekend of overzichtelijk zijn of door veel individuen gebruikt worden, kan voor elk veldbezoek worden volstaan met avond. Onbekende, meerdere of vermoede uitvliegopeningen kunnen het beste 's ochtends aan de hand van het inzwermen worden gevonden.
3. Andere omgevingscondities kunnen leiden tot ander gebruik van het gebied. Bij regenachtig winderig weer bijvoorbeeld wordt op andere plaatsen gefoerageerd dan bij warm en rustig weer. Onderzoek onder meerdere, verschillende condities is dus wenselijk.
Houd er rekening mee dat een geschikte verblijfplaats in de loop van het jaar verschillende functies voor verschillende soorten of het andere geslacht kan hebben.

4. Uit oogpunt van dierenwelzijn dient verstoring voorkomen te worden, bijvoorbeeld door zo min mogelijk te vangen en te hanteren, lichtbronnen te gebruiken die de minste warmte afgegeven (LED) en de mogelijk hinderlijke waarnemingsperiode zo kort mogelijk te houden.

5. De waarnemingen voor een gebiedsfunctie kunnen beëindigd worden wanneer alle potentieel voorkomende soorten en functies voldoende zijn vastgesteld, ongeacht de voorgeschreven waarnemingsduur in de protocollen. Echter bij paarverblijfplaatsen van territoria gebonden soorten en kraam- en zomerverblijfplaatsen, moet het volgende worden bedacht.
Soms is kort na zonsondergang de baltsactiviteit in een gebied veel lager dan een aantal uur na zonsondergang. Ophouden na een ronde door het gebied waarbij enkele paarverblijfplaatsen zijn gevonden is dan niet goed, omdat het aantal paarverblijfplaatsen dan nog flink kan toenemen. Dit kan relevant zijn voor de beoordeling van de gunstige staat van instandhouding van de (locale) populatie.
Het vaststellen van een kraamverblijfplaats maakt een tweede of derde ronde niet overbodig. Zo kan bijvoorbeeld de omvang van de kraamgroep flink zijn toegenomen, kan de samenstelling veranderen, bijvoorbeeld door gemengde kraamgroepen, of kan de groep op een andere locatie zitten. Dat heeft invloed op de beoordeling van het effect van de ingreep en de kwaliteit van het juridisch-ecologisch advies.

6. Het protocol kan bij toepassing zodanige gegevens opleveren dat naast soorten en gebiedsfuncties ook het belang van de gebiedsfuncties voor de duurzame instandhouding van de populatie kan worden vastgesteld. Aanvullend onderzoek kan echter nodig zijn. Indien bijvoorbeeld tijdens een avondbezoek een verblijfplaats wordt vermoed maar deze of de precieze locatie niet met zekerheid kan worden vastgesteld moet los van het protocol zo snel mogelijk en bij voorkeur 's ochtends, opnieuw worden gekeken.

7. Literatuurvermelding van migratieroutes in het onderzoeksgebied dient tot aparte aandacht voor deze gebiedsfunctie bij veldwerk en beoordeling te leiden.

8. Voor sommige situaties is een speciale aanpak noodzakelijk. Daarvoor dienen specialistische bureaus ingeschakeld te worden, bijvoorbeeld bij de toepassing van mistnetten voor determinatie of sexen in de hand of het bepalen van de conditie en voortplantingsstatus.

9. In het protocol wordt een aantal methoden van determineren aangegeven. Voor soms aanvullend benodigde specialistische apparatuur kunnen specialistische bureaus worden ingeschakeld.

10. De invloed van een aantal inventarisatiecondities is locatiespecifiek, bijvoorbeeld rust, geluid, licht, neerslag of vaak als verblijfplaatsen gebruikte objecten of gebieden. Deze inventarisatiecondities en plaatsen zijn in dit protocol in groen en in verborgen rijen (4.) en in een apart tabblad (5.) weergegeven en niet bindend of volledig.

11. Een aantal inventarisatiecondities kent optimale en suboptimale waarden, zoals de waarneemperiode. De suboptimale waarden zijn in het protocol tussen normale haken weergegeven. Nadere aanwijzingen of verduidelijking staan tussen blokhaken. Bij inventarisatie onder deze omstandigheden kan niet voor elke plek en elk jaar volledig uitsluitsel geven worden dat soorten (niet) voorkomen. Indien het weer of de seizoenen of ecologische overwegingen dat nodig maken, kan maximaal één van de verplichte bezoeken in een suboptimale periode plaats  vinden. Het uitsluiten van de aanwezigheid van een soort of een functie in een onderzoeksgebied kan nooit alleen op basis van onderzoek in de suboptimale periode plaats vinden.

12. Lege cellen in het protocol geven aan dat die functie voor die soort in Nederland niet bekend is of dat voldoende kennis ontbreekt.

13. Voor de rapportage geldt dat de handreiking Flora- en faunawet gevolgd moet worden, zoals het vermelden van weersomstandigheden tijdens het veldwerk, in het verslag.

14. Het bewijs voor de aanwezigheid van een lastige soort of voor een soort in afwijkende situaties, is in het kader van dit protocol, een sonogram van een op het waarneemmoment geregistreerde digitale opname van een tijdverlenging detector (TE).