Het protocol heeft tot doel het belang van de functies van gebieden voor soorten vleermuizen effectief en efficiënt vast te stellen ten dienste van ontheffingaanvragen voor de Flora en Faunawet. Het is een hulpmiddel voor deskundige vleermuisonderzoekers en de beoordelaars van vleermuisonderzoek om te bepalen wat een juridisch redelijke onderzoeksinspanning is voor een specifieke locatie.

1. De in te zetten personele capaciteit moet afgestemd worden op omvang, de complexiteit van het gebied of gebouw en de aard van de ingreep en de in te zetten methoden.

2. De keuze van in te zetten methoden en technieken dient aan te sluiten bij de situatie en de te verwachten soorten. De keuze vereist kennis van de nieuwste methoden en technieken zodat een afweging kan worden gemaakt welke van de beschikbare methoden en technieken het meest geschikt en/of efficiënt is. Als uitgangspunt is in dit protocol daarbij het ecologische principe van de niche gehanteerd. Daaruit volgt dat soorten van elkaar verschillen en dat elke soort eigen specifieke tijden, data en perioden voor optimale waarneming heeft. Mede hierdoor is het tabblad 'werkwijzen' gecompliceerd.
Wanneer op een locatie de uitvliegopeningen bekend of overzichtelijk zijn of door veel individuen gebruikt worden, kan voor elk veldbezoek worden volstaan met avond. Onbekende, meerdere of vermoede uitvliegopeningen kunnen het beste 's ochtends aan de hand van het inzwermen worden gevonden.