Onderzoek heeft vaak als doel om vleermuizen te beschermen. Soms is het middel erger dan de kwaal en worden vleermuizen door verkeerd gekozen onderzoeksmiddelen juist verstoord. Denk aan onderzoek naar vleermuizen in een boomholte, waarbij de boom tijdens het klimmen naar de holte wordt beschadigd. Of onderzoek in een vleermuiswinterverblijf waarbij vleermuizen wakker worden doordat iemand de deur van het verblijf open laat staan.

Voor het vangen van vleermuizen zijn specifieke ethische richtlijnen opgesteld: als een onderzoeker zich aan deze richtlijnen houdt kan verstoring van vleermuizen vrijwel voorkomen worden. Ook voor het tellen van vleermuizen in winterslaap is het nodig dat vleermuisonderzoekers zich volgens een bepaalde etiquette gedragen

• Hanteer vleermuizen niet en raak vleermuizen niet aan. Ook niet om het dier beter te kunnen determineren.
• Rook niet in het winterobject en draag geen sterke parfum of aftershave
• Maak geen lawaai (niet roepen of schreeuwen- praat zacht, niet krassen op de muur).
• Beweeg je rustig (niet rennen of springen). Let bij nauwe doorgangen op dat klading en/of rugzak niet langs muren en plafonds schuren en eventueel aanwezige vleermuizen kunnen raken.
• Blijf niet langer onder een gevonden vleermuis staan dan nodig is om te determineren, dit om te voorkomen dat een vleermuis wakker wordt van jouw lichaamswarmte of warmte van de zaklamp.
• Fotografeer alleen vleermuizen wanneer je twijfelt over de determinatie (alleen als het nemen van een goede foto ook mogelijk is).
• Gebruik alleen electrische lampen (geen petroleumlampen of gaslampen) en bij voorkeur geen halogeenstralers maar nieuwe generatie LED zaklampen.
• Sluit, indien mogelijk, de toegang zo snel mogelijk na binnenkomst af.
• Zorg ervoor dat na afloop van de telling eventuele toegangsdeuren en hekwerken goed gesloten worden, zodat onbevoegden het object niet kunnen betreden.
• Schrijf niet op muren en al helemaal niet naast een vleermuis.
• Objecten waar vleermuizen aan of achter hangen (bv plank) mogen niet verplaats worden om determinatie te vergemakkelijken.
• In kwetsbare objecten met veel vrij hangende dieren is het aan te raden een mondkapje te dragen om warmte uitstraling te beperken. In plaats van een mondkampje kan ook gebruik worden gemaakt van een snorkel, waarbij de snorker naar achteren worden gericht.